In de Middeleeuwen brouwden abdijen in de eerste plaats bier uit gezondheidsoverwegingen. Hoewel het misschien niet erg smakelijk klinkt, hielp het drinken van bier als preventie tegen tyfus en andere dodelijke epidemieën die door vervuild water werden verspreid. En aangezien de mensen toen geen enkele mogelijkheid hadden om te testen of het bronwater veilig was of niet, bleek het sterilisatieproces gebruikt om bier te brouwen het beste middel om besmetting met de gekende Salmonella Tyfusbacterie tegen te gaan.

De Leffe brouwerij is gevestigd op de rechteroever van de Maas, op ongeveer 1 kilometer ten zuiden van de stad Dinant. In 1152 stichtten de Premonstratensers de Abdij Notre-Dame op de plaats waar de rivier de Leffe en de Maas samenkomen. In 1200 veranderde de naam van de abdij in Leffe abdij. De eerste historische referentie dateert van 1240. Om hun bier van hoge gisting te brouwen, gebruikten de monniken enkel natuurlijke ingrediënten en een recept dat werd doorgegeven van generatie op generatie.

In de 15e eeuw werd de Leffe abdij geteisterd door tal van rampen. Historici rapporteren dat in 1400 de abt en zeven monniken stierven door de pest. Op 7 augustus 1460 werd de abdijkerk getroffen door een zware overstroming. Enkel de vier muren bleven over. De toenmalige abt verdronk tijdens de overstroming. De andere monniken bleven gespaard door zich te verschansen in de kloostertoren. En tenslotte, net toen de waterschade was hersteld, werd Dinant belegerd door Karel de Stoute en zijn leger. Ze verwoestten en vernielden de Abdij.

De stad Dinant werd verplicht om zich over te geven aan Karel de Stoute op 23 augustus 1466. Aangezien Bourgondië toen één van de grootste streken van Frankrijk was, kon de bijzonder machtige Karel de Stoute, Hertog van Bourgondië, rivaliseren met Lodewijk XI en de Franse troon. Toch waren de inwoners van Dinant zo stoutmoedig om het gerucht te verspreiden dat Karel eigenlijk werd verslagen, en zelfs erger, dat hij de bastaardzoon was van Hertogin Isabella en de Bisschop van Luik. Woeden wou Karel de Stoute de eer van zijn moeder herstellen. Zijn leger viel Dinant binnen en vermoordde alle mannen, vrouwen en kinderen uit de stad. Ook de Abdij werd geplunderd, in lichterlaaie gezet en volledig vernietigd.

In 1735 werd de Leffe abdij verplicht om een regiment Huzaren te huisvesten. Deze Hongaarse huurlingen, berucht omwille van hun brutaliteit, zwierven rond op het platteland. Ze plunderden, roofden en terroriseerden de lokale bevolking. De Huzaren hadden geen respect voor het religieuze karakter van de Abdij; ze plunderden het gebouw en alles wat erin zat. Ook de brouwerij werd geteisterd door deze plundering: wanneer de huurlingen genoeg hadden gedronken van de biertonnen, braken ze of vernielden ze de rest.

De brouwerij was nog maar net heropgebouwd in 1794 of er stond al een nieuw gevaar voor de deur: het Franse republikeinse leger dat zijn opwachting maakte door het uitbreken van de Franse revolutie. Gedurende eeuwen was de kerk de belangrijkste landeigenaar van Frankrijk. Maar wanneer het nieuwe regime aan de macht kwam, weigerde het de speciale status van de kerk te erkennen en ontnam het al haar bezittingen. In 1796 werd de Abdij officieel opgedoekt en overgenomen door de staat. Het einde van een bewogen en glorierijke tijdsspanne van 640 jaar gekenmerkt door harde labeur en opofferingen. Tijdens de daaropvolgende jaren ging de Abdij constant over van de ene eigenaar naar de andere en werd geleidelijk verkocht. De brouwerij zette zijn activiteiten verder op een lager pitje tot 1809. Vervolgens werd die definitief gesloten.

OP 1 februari 1937 werd de Leffe abdij als historisch monument erkend.

Historici rapporteren dat gedurende de Eerste en Tweede Wereldoorlog de bezetters het merendeel van de brouwketels van de Abdij omsmolten tot geweren en munitie.

Het leven in de monnikengemeenschap was hard. De jonge broeders maakten wierook en inkt. Ze verkochten vervolgens deze producten aan hun broeders in heel België – op die manier verdienden ze net genoeg geld om de gemeenschap te laten overleven. De Abdij had sinds de Franse Revolutie geen bier meer gebrouwen – tot Vader Abbot Nys in 1952 een brouwer uit Overijse, Albert Lootvoet genaamd, ontmoette. De twee mannen besloten om de vermaarde brouwtraditie van de Leffe abdij nieuw leven in te blazen door opnieuw bier te brouwen volgens het traditionele recept en de aloude processen. De Abdij begon in 1952 Donkere Leffe in 1952 te brouwen – en het was onmiddellijk een treffer van formaat.

De Leffe abdij is opgetrokken uit baksteen, bloksteen en gehouwen kalksteen. Het dak bestaat uit leisteen. In 1460 werd de door de overstroming verwoeste Abdijkerk vervangen. Enkel de voorhal blijft vandaag nog over. In het begin van de 20e eeuw werd een schuur uit 1710 omgevormd tot Abdijkerk. De hoofdingang van de Abdij leidt tot een binnenplaats die langs de vier kanten is omgeven door gebouwen. Vandaag bevindt het gasthuis zich in de oostelijke vleugel, die gekend staat als de Prélature. Een aantal met elkaar verbonden gebouwen, daterend uit de 17e en 18e eeuw, vormen de volledig gerenoveerde zuidelijke vleugel waar de vertrekken van de monniken zich bevinden.